世贸组织《补贴协定》规制跨国补贴的范围和深度均非常有限。从适用范围上看，《补贴协定》仅适用于货物领域的跨国补贴；从规制深度上看，《补贴协定》核心纪律原则上不适用于跨国补贴（出口补贴和进口替代补贴除外），非核心纪律则缺乏对跨国补贴的规制。由于涉及向境外财政资助或利益接受者提供补贴并且往往涉及间接提供，《补贴协定》专向性和利益规则适用于跨国补贴面临较大的挑战。为了有效规制跨国补贴与反补贴，有必要基于跨国补贴的特点修改和完善《补贴协定》，包括放宽《补贴协定》第2.1条施加的地域限制、针对跨国补贴调整利益认定与计算规则、构建跨国禁止性补贴与跨国可诉补贴纪律等。