对传染病病毒样本及病毒基因序列数据的获取应当主张主权权利加以严格限制，抑或作为公共资源实现开放共享，发展中国家和发达国家对这一问题存在较大争议。以承认主权权利为基础的《生物多样性公约》和《名古屋议定书》中的“遗传资源”定义适用于传染病病毒样本，并以事先知情同意和共同商定条款保证公平合理的惠益共享，可确保样本获取的可追溯性，维护国家生物安全，矫正发展中国家在全球医药开发与获益中的弱势地位，且符合当前各国立法实践趋势。病毒基因序列数据是一种抽象的虚拟排列信息，《生物多样性公约》中的“遗传资源”定义是否适用存在争议，目前的国家实践对规范病毒基因序列数据的获取也尚无统一的立法模式。考虑到基因序列数据获取和流动的特点，更适宜通过公共数据库、签署数据库授权许可使用协议等开放形式确保获取的可控制性。