国际投资仲裁中股东独立请求仲裁与各国公司法“非间接损失”原则相冲突，而且缺乏条约依据，是对投资仲裁合法性的质疑之一。实践中，股东可以依据其条约权利被直接侵害独立请求仲裁;或依据其持股公司遭受东道国不法侵害而导致的间接损失，例如股份价值损失，独立请求仲裁。前者具有条约依据且与国内法原则一致。而后者既缺乏条约依据，又与公司法的“非间接损失”原则相冲突。这种冲突会加剧股东保护的不平等和重复赔偿等风险;公司债权人也可能以间接损失为由独立请求仲裁，造成投资仲裁程序和公司结构的混乱。面对上述问题，国内法中公司和股东自主约定索赔方式或弃权条款;仲裁实践中引入宽泛的既判力原则;投资条约中对股东独立请求设置限制条款，对于避免重复赔偿、规范股东独立请求以及对股东间接损失提供有依据的救济具有重要意义。