当事人意思自治原则是合同法律适用的基本原则，不仅适用于私人主体签订的合同，也是决定国际组织合同法律适用的首要原则。国际组织与私人缔结的合同的准据法的确定，首先应采用意思自治的方式，合同规定应适用的法律是当事人意思的明示表示理应得到尊重和适用。在国际组织上，当事人意思自治还意味着选择国内法之外的法律，包括国际组织内部法、一般法律原则和国际法。国际组织内部法是国际组织合同法律适用中所独有的现象，国际法、国内法和一般法律原则在适用时均有国际组织自身特色和要求。