欧盟直接效力原则是欧盟法院在个案中确立并发展起来的原则。作为处理欧盟法与成员国法关系的重要指导，在巩固一体化成果、保证欧盟法统一解释和适用以及维护欧盟法自治性上发挥了重要作用。随着司法实践的发展，尽管法院对直接效力原则的内涵、外延、适用范围和条件做了澄清，却仍存在许多问题。突出表现为国际条约直接适用问题上存在双重标准、判断难度加大和法律确信等问题。《里斯本条约》通过后，该原则还面临着《欧盟基本权利宪章》的现实冲击和挑战。从现有判例看，法院倾向于否定宪章的横向直接效力，而是在一定条件下与一项指令相结合，旨在贯彻某项欧盟原则的前提下享有横向直接效力。这给宪章的有效执行带来很大的挑战和不确定性。